EzCatDB:酵素触媒機構データベース:検索ページ・マニュアル(日本語) by 長野希美 EzCatDB

EzCatDB:検索ページ・マニュアル

EzCatDB データベースについて

EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクがはられています。

検索ページ・簡易マニュアル

酵素名、EC番号、立体構造の種類・スーパーファミリー(CATH)、触媒残基の種類、他のDBのデータIDとリンク(PDB、Swiss-prot、KEGGなど)、リガンドの名前・種類・結合状態、基質・産物・補因子、文献情報(PubMed ID、著者名、キーワード)、触媒機構分類(RLCP)情報の有無など様々な条件を組み合わせて検索できます。
注意:何も指定せずに、“Search”ボタンをクリックすると、登録されている全ての酵素の一覧が表示されます。

従って、下記のデータベースのアクセッションIDなどで検索ができます。

UniProtKB: 蛋白質配列の知識データベース(欧州バイオインフォマティクス研究所)。
KEGG: 京都大学化学研究所による酵素および化合物データベース。
CATH: 蛋白質立体構造の階層分類データベース(ロンドン大学)。
PubMed: オンライン文献データベース(米国 NCBI)。

PDB関連データベース:
PDB: Protein Data Bank. (蛋白質立体構造データベース;PDB)。
PDBsum: PDB データの要旨データベース(欧州バイオインフォマティクス研究所)
PDBj: 大阪大学蛋白質研究所によるProtein Data Bank Japan (PDBj)。


また、下記のデータベースとのリンクの有無などでも検索ができます。

Catalytic Site Atlas (CSA): 酵素触媒残基データベース(欧州バイオインフォマティクス研究所)。
MACiE: 酵素反応データベース(ケンブリッジ大学)。

検索の具体例

下図に、具体的な検索例を示します。
“EC 3.2.1.-(糖加水分解酵素)”で、α蛋白ドメイン構造(CATH 1.-.-.-)を持ち、触媒残基としてグルタミン酸(GLU)を、補酵素として2価の金属イオンを持ち、RLCP分類を含む(include選択)エントリを選択し、“Search”ボタンをクリックすると、該当する酵素のエントリの一覧が表示されます。
それに対して、何も選択・記入しないで、“Search”ボタンをクリックすると、EzCatDBに含まれる全ての酵素の一覧が表示されます。



4件のエントリーがヒットし表示される。

(参考) CATH:蛋白質ドメイン構造・階層分類

EzCatDBでは、蛋白質の立体構造分類は、 ロンドン大学のOrengo教授によるCATH 構造分類データベースに基いています。このデータベースでは、蛋白質ドメインを4階層(クラス(C), アーキテクチュア(A), トポロジー(T) & 同族スーパーファミリー(H))に分類しています。
例として、TIMバレル型のドメイン構造の場合、
C:3 (αβ型構造)
A:20(バレル型)
T:20(TIMバレル型)
に分類されています。


科学技術振興機構(JST)さきがけ(PRESTO)による助成:(2001年12月 〜 2004年1月)
独立行政法人日本学術振興会(JSPS)科学研究費補助金、研究成果公開促進費による助成:(2005年4月 〜 2006年3月)
科学技術振興機構(JST)バイオインフォマティクス推進事業(BIRD)による助成:(2005年9月 〜 2008年9月)
科学技術振興機構(JST)バイオインフォマティクス推進事業(BIRD)による助成:(2007年10月 〜2010年9月)
独立行政法人日本学術振興会(JSPS)科学研究費補助金、研究成果公開促進費による助成:(2011年4月 〜 2012年3月)
独立行政法人日本学術振興会(JSPS)科学研究費補助金、研究成果公開促進費による助成:(2012年4月 〜 2013年3月)
経済産業省(METI)による「革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発」研究委託: (2012年10月 〜)
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)の業務委託: (2016年4月 〜 )

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